学習院中等科・高等科には、旧制時代から学習院の授業で使用されてきた標本が、数多く伝わります。内容は、主に明治後期から昭和前期にかけ、学習院が教材として収集した、動植物や鉱物・岩石・化石などの各種自然科学標本で構成され、その他、掛図や実験器具なども受け継がれています。その数は、およそ8千件以上。これらの標本は、現在も生物や地学など理科の授業を中心に、在学生のための教材として利用されています。
古いものでは、150年以上前に採集された標本や、日本の近代の博物学の歴史を垣間見せてくれる標本もあります。